Col termine "Motte" si volevano un tempo identificare i centri fortificati eretti sulla cima di rupi, inaccessibili e nello stesso tempo panoramiche, al fine di sorvegliare tutto il territorio circostante a difesa delle incursioni, frequenti soprattutto nei villaggi costieri.
Non del tutto chiare sono le origini di Motta San Giovanni. Già conosciuto in epoca romana, il centro si sviluppò concretamente intorno al 1500, probabilmente dopo la distruzione della fortezza di San Niceto, i cui profughi si fermarono nel vicino villaggio. Tuttavia le notizie di un assedio, operato da Alfonso Duca di Calabria nel 1452, farebbero pensare all’esistenza di un villaggio già prima della caduta di San Niceto. In una prima fase di dominio dei Duchi d’Aragona di Montalto, Motta passò nel 1561 a Giovanni Minutolo e poi, nel 1565 a Tommaso Marquett.Nel 1576 la ebbero i Villadicane e nel 1605, i Ruffo di Bagnara che, acquisito il titolo di principe, lo mantennero fino all’eversione della feudalità.
Il terremoto del 1783 provocò nel paese notevoli danni.
Al tempo della Repubblica Partenopea (1799) divenne Comune del Cantone di Reggio. Coi Francesi fu riconosciuta Università.
Nemmeno il terremoto del 1908 risparmiò Motta, e anche in questo caso i danni furono ingenti.
Il paese non è rimasto indenne neanche dal triste fenomeno dell’emigrazione, ma la 
vicinanza alla costa e la ricchezza del suo territorio hanno permesso all’economia locale di crescere, salvando il paese dal destino di molti centri dell’entroterra, lentamente abbandonati per la mancanza di lavoro.
vicinanza alla costa e la ricchezza del suo territorio hanno permesso all’economia locale di crescere, salvando il paese dal destino di molti centri dell’entroterra, lentamente abbandonati per la mancanza di lavoro.Il centro si è allargato rispetto al suo nucleo originario, assorbendo nel tessuto urbano anche vicine contrade. Si noteranno pertanto moderne costruzioni alternate a vecchie abitazioni e a casolari abbandonati.